אנליזה גנומית

אנליזה מתבצעת על נתונים גנומיים כגון רצפי DNA, נתוני בקרה גנומית או נתוני מבנה. אנליזה של רמת ביטוי (RNA-Seq) כולל אנליזת תאים בדידים (Single Cell) כולל מיפוי לגנום או ישירות לטרנסקריפטום. בחינת הקבצת הדוגמאות לפי קבוצות (עצי מבנה, מטריצת קורלציה, PCA, tSNE) ומציאת גנים דיפרנציאליים. הניתוח כולל יכול לכלול עימוד רצפים, בניית עצים פילוגנטיים, ניתוח וואריאנטים, מוטציות וכדומה. השירות יכול לכלול גם חיפוש והשוואות מול בסיסי נתונים ביולוגיים (בפרט TCGA, ICGC) וכולל סקר ביביליוגרפי.

שימוש בבסיסי נתונים ביולוגיים

טכנולוגיות ריצוף חדשות (NGS) מייצרות נפחי מידע גדלים והולכים. חקר ביולוגי, רפואי, חקלאי וסביבתי תלוי במידה רבה בניצול מידע עשיר ורב-גוני זה. הקהילה המדעית מאפשרת גישה חופשית ללא תקדים לחלק הארי מהמידע. המידע מצוי בחלקו בבסיסי נתונים כוללניים כגון NCBI ולעיתים בבסיסי נתונים ייעודיים כגון בסיס נתונים מרכזי לגנומיקה של גידולים סרטניים: TCGA. אנו מציעים שירותי ביואינפורמטיקה הכוללים חיפושי מידע, כריית מידע ועיבוד הנתונים ממגוון של בסיסי נתונים. היעד הסופי הוא סיוע למשתמשים בגיבוש תמונה רחבה ומשולבת של הפרויקט.

• גישה ממוחשבת לשרתי המידע, המרות פורמטים ומבני נתונים.
• שימוש בכלי עבודה רשתיים כגון BLAST או CLUSTAL ובשילוב אמצעי חישוב מקומיים.
• סקירה וניתוח של מאמרים רלבנטיים לפרויקט.

כלי תוכנה

כלי התוכנה העיקריים הם שפות תיכנות Python ו- R ואיתן המגוון הרחב של ספריות תוכנה ביולוגיות כגון Biopython, Bioconductor. שירותי שרת או שירותי תוכנה מרוחקים כגון NCBI BLAST Tools מיושמים אף הם על פי הצורך.

רקע

ענף האנליזה הגנומית מתפתח בקצב מהיר. טכנולוגיות ריצוף משתפרות והולכות ועלות הריצוף קטנה במקביל. כמויות ענק של נתונים גנומיים מצטברים ומאתגרים את הצורך הגדל בביצוע ניתוחים גנומיים ממוחשבים. הצורך מופיע במגוון רחב של יישומים:

• מכוני מחקר למיניהם
• דיאגנוזה וטיפול רפואי, וכן פיתוח תרופות בטכנולוגיות חדישות
• חקלאות, גנומיקה של צמחים, הנדסה גנטית של מזון
• מדעי הסביבה, מטה-גנומיקה וגנומיקה של הסביבה החיידקית.
• יחידות ביואינפורמטיקה אורגניות עמוסות המעוניינות במיקור חוץ.

אודות

שירותי ביואינפורמטיקה הוא מיזם פרטי בהובלת יהונתן מונין, בעל תואר שני בפיסיקה, תואר במתמטיקה, תואר שני במנהל עסקים וניסיון רב שנתי בהובלת פרויקטים טכנולוגיים ומדעיים מולטי-דיסציפלינאריים. ידע בתחום הביואינפורמטיקה נגזר ונסמך על הקורסים הבאים: